L'infrastruttura si divide in 2 parti

• Area Nord: dedicata ai traffici commerciali, la pesca e il cabotaggio;
• Area Sud: dedicata al turismo, al diportismo ed alle crociere.

Con una lunga diga foranea a protezione, l'approdo si compone del bacino dell'avamporto e del porto interno e dalla darsena romana.
Meglio conosciuto come il porto di Roma, si tratta di un attracco principalmente commerciale e punto strategico per quanto riguarda le rotte tursistiche croceristiche del mar Mediterraneo. Negli ultimi anni il traffico dei passeggeri ha infatti avuto un incremento significativo.

Aree riservate alla nautica da diporto.

• Molo Lazzaretto: pontile galleggiante con 60 metri di approdi per imbarcazioni da diporto.
• Darsena Romana: attracchi per 64 metri lungo un pontile galleggiante.
• Banchina Apollodoro: 60 metri riservati al diportismo.
• 40 metri su un pontile mobile in gestione al Cantiere Navale Ulisse 2000

I progetti di ampliamento del porto di Civitavecchia prevedono posti barca per 23 mega yacht dai 40 ad oltre 100 metri di lunghezza.

Servizi turistici del porto

• Traghetto per Olbia-Golfo Aranci;
• Traghetto per Cagliari;
• Traghetto per Porto Torres.

Il porto di Civitavecchia è raggiungibile dalle strade:

•  Roma - Civitavecchia
•  Strada statale 1 Via Aurelia
•  Strada statale 675 Umbro-Laziale
•  Strada statale 698 del Porto di Civitavecchia

È servito dai treni:

• Civitavecchia Express, dedicato ai crocieristi e con prenotazione del posto, effettua l'itinerario Civitavecchia-Roma San Pietro-Roma Ostiense. Viene effettuato due volte al giorno dal 2019 durante la stagione turistica. Il collegamento con il porto è garantito dal servizio PortLink di Trenitalia.
• FL5 Roma Termini - Civitavecchia, che lo collegano indirettamente alle altre stazioni principali della linea e alla Metropolitana di Roma.

A seguito della dismissione della stazione di Civitavecchia Marittima, l'autorità portuale e Trenitalia hanno istituito un servizio di trasporto gestito dalla Civitavecchia Servizi Pubblici mediante bus navetta, con partenza da Largo della Pace ogni 10 minuti.

È possibile infine raggiungere il porto mediante taxi grazie alla postazione presente davanti alla stazione ferroviaria.